最近一直在测试大模型来做生物信息，效果还可以，主要使用gemini cli，由于一直还有机会用上claude code，所以只能通过cursor来使用claude 4，这次内容我们来测试一下claud4的生物信息能力。
如何选择大模型
当前的大语言模型可谓是“百家争鸣，百花齐放”。各家都开足马力不断升级。目前有免费的，也有很多收费的。下面列出当前时间点一些主流大模型。主要就分中国和美国。
目前最强大的模型是Claude 4，但是需要付费，每月20美元左右。然后是gemini 2.5，有一定使用量限制，一般也够用，然后是完全免费的DeepSeek和Qwen3。
如何使用大模型
目前可以使用大模型的工具有很多，可以说非常混杂。
1、通过官网：这种模式只有聊天模式，生成代码需要手动复制粘贴，不方便生成测试和调试，不推荐。
2、插件模式：一般通过vscode或者jetbrain工具插件提供，插件提供了大量模型可供选择，例如trae ai，cline，CodeBuddy等，有免费有订阅。这种模式推荐vscode默认集成的copilot，每月订阅10美元，普通用户每月有一定量免费额度。
3、IDE模式：一般都是基于vscode开源版本开发，和vscode使用差别不大，例如cursor， windsurf，Trae都是这种模式，如果熟悉vscode，直接上手就可以，集成了agent功能，可以直接运行代码，不过需要订阅，每月10美元-20美元。
4、命令行模式：最新推出的Claude code，gemini cli都属于命令行模式，虽然很多人不喜欢命令行模式，但做生物信息这是最好的模式了。本来做分析也需要命令行，直接集成AI使用体验最好。
测试cluade 4生物信息分析能力
由于claude 4对国内IP封禁，因此我订阅了cursor，通过cursor来测试claude 4模型。
我们通过cursor的ssh功能登录服务器，就可以直接调用agent或者命令行直接运行代码。
这里我们想使用kraken2对宏基因组测测序数据mocklog.fastq.gz进行物种分类，解读报告，数据可视化以及提取序列。
首先，输入提示词“对纳米孔测序/ifs1/User/cursor/02.kraken/mocklog.fastq.gz进行物种分类”
选择claude sonnet4模型，cursor接到任务之后，先确认文件，然后确认分析软件和数据库，都存在之后直接生成kraken2分析命令。选择kraken2以及对应的脚本都是有模型默认生成的。
分析完成之后直接输入解读报告命令。cursor会对生成结果进行中文解读，非常方便。
接下来要求数据可视化。
cursor直接生成一个python程序用来做数据分析，由于缺少一些依赖包，pyhton选择自己安装。
配置结束后就开始绘图。直接生成了绘图结果以及一个markdown报告。
不过图片标签中无法显示中文，让cursor自己修复，修复完还是有问题，于是直接让它将标签都换成英文，这次显示没有问题了。
最后我们提取某个每个物种的比对序列。cursor又是自己写个程序完成工作。
cursor总结
通过curor来远程访问服务器，然后调用模型来做生物信息要比直接通过命令行方便很多，很多新手还是习惯这种有图形化的操作。切换模型也很方便，比直接用gemini cli方便一些，唯一不足的地方是cursor并不免费。不过cursor调用这些大模型都是要收费的，这点完全可以理解，免费的往往是最贵的。
这些工具确实非常好用，但是并不能让零基础人员正确使用，也就是它是完成60-90分的过程，而并不是从0到60的过程。
文章来自于微信公众号“基因学苑”。